La science est basée sur des jeux d'hypothèses de départ (postulats, axiomes, … ) à partir desquelles le raisonnement réfléchi (spécifique à l'homme ?) conduit à des conséquences vérifiées ou non par l'expérience (objective ou subjective). Ces déductions n'ont que la pertinence de leurs bases de départ … qui n'ont pas toujours de caractères absolus.
La logique permet de vérifier l'exactitude des déductions, mais ne dit rien de la solidité de ses fondements … tant qu'ils ne sont pas contradictoires entre eux.
La démarche scientifique, face à un phénomène inexpliqué, commence par une intuition concernant la cause, la logique en déduit que si cette hypothèse est juste, il doit en résulter certaines conséquences que l'expérience doit confirmer … ce qui valide alors l'intuition de départ.
Une théorie nouvelle s'élabore, le plus souvent, non en démolissant la précédente, mais en expliquant des phénomènes que cette dernière ne permettait pas de comprendre : il s'agit plus, habituellement, d'un développement, un nouveau bourgeon que d'une destruction – reconstruction de l'ancien.